Alors que Mr. Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'Enterprise escorte le chancelier Gordon jusqu'au centre de conférence ou il doit signer un accord de paix avec l'empire des Klingons, leur vaiseau est attaque et le chancelier abattu. Chang, general des Klingons, accuse Kirk qu'il envoie en compagnie du docteur McCoy sur l'astre de glace Rura Penthe. Mr. Spock ne dispose que de quelques jours pour sauver son ami et rétablir la paix menacée.
Au XXIIIe siècle, à l'issu de leur mission sur Genesis, l'amiral Kirk et son équipage se dirigent vers la Terre. Au même moment, une sonde d'origine inconnue émet des signaux ressemblant au chant des baleines et, après avoir détruit de nombeux vaisseaux, menace notre planète. Kirk décide donc d'effectuer un voyage dans le temps, accompagné de ses fidèles, jusqu'en 1986, afin de ramener des cétacés, désomais disparus, et de percer le mystère.